柯特被特勤局带往地堡，声称是为了国家安全，而在那里柯特见到了许多他认识的重要人物，均被控制在地堡内。柯特看到眼前的一切，认为谢培德真正的计划，就是将他们困在地堡里，而她则要进行大规模的袭击，以建立新的美国政府。

柯特将自己的想法告诉基顿，说服基顿跟他一起离开地堡，以阻止谢培德即将开始的大规模袭击。基顿想通知在场的其他人，可柯特却因为沙暴组织无处不在，他实在不知道谁是可信的，他不能冒这个险将这件事说出去。

柯特和基顿刚找到一部原始总机，好不容易接通了帕特森的手机，可没想到刚说了一句话，就被人给发现了。柯特和基顿联手制服了发现他们的守卫，然后拿走他的门禁卡，逃出了地堡。帕特森根据柯特的提示，跟里德他们一起商量，谢培德接下来的计划，突然想到因为昨天的爆炸，白宫齐集了所有领导人，谢培德可能要炸的是白宫。

帕特森有了猜想之后，才想起了与昨天爆炸的炸药有关的扎克，于是将他逮捕审问。在扎克还没有坦白之前，柯特和基顿便回了FBI，柯特这时才知道，谢培德手上还有之前她在曼谷抢来的核原料。正当柯特安排组员深入调查之时，扎克说出了谢培德要发射导弹的事情，帕特森才明白谢培德的目标并不是白宫，而是要将整个东海岸夷为平地。

帕特森左思右想想到了一个办法阻止谢培德发射的导弹，并在新代理局长埃莉诺的帮忙下，找到了两个太空专家帮忙，要求他们设法利用在太空上的联盟号入侵谢培德的导弹，以达到控制的目的。萨帕塔得知了沙暴组织还有行动，她只能拔掉注射管回到FBI帮忙，柯特于是让萨帕塔和基顿一起监控谢培德的行动，助柯特他们抢回核原料。

帕特森与太空专家的配合之下，虽然没办法阻止导弹，但给帕特森争取了六分钟的时间。柯特他们拦住了谢培德的车，正准备让谢培德缴械投降之际，谢培德的另外两名杀手在外侧偷袭他们，打他们一个措手不及。谢培德在袭击之时，想要逃跑，最终还是被柯特给打中一枪，被逮捕了。

在谢培德被逮捕的同时，帕特森阻止导弹发射失败，导弹已经成功发射，并在30分钟后成功降落国会大厦，而现在唯一能阻止的方法，就是将信标找到，将导弹改向海洋降落。在谢培德身上没有找到信标，柯特便想自己一个人开着整车核原料去处理，而此时帕特森告诉他们，真信标还在使用中，并没有被销毁。

柯特让简开车离开，而他则在车里寻找信标的下落，就在柯特发现信标在谢培德的肚子里时，罗曼开着警车袭击他们，引发了车祸。车祸之后，柯特因为巨大的震动受了伤，此时他才发现车上的心肺振动器，于是利用这个电击谢培德，才最终将谢培德肚子里的真信标销毁，让导弹误信帕特森设的假信标而投向大海。

简与罗曼搏斗一番之后，还是狠不下心杀死罗曼，只能让罗曼离开。柯特想要拦住罗曼，却因为受伤从车上摔了下来几乎要晕过去，所以没能拦住罗曼，而他在昏迷前向简表白，要求简不要离开他。（本季终）

罗曼突然想起，抹掉他记忆的人就是简，生气地跟简打了起来，根本不听简的任何解释，直到简制服了罗曼，将他再次关了起来。简去跟罗曼解释，可罗曼根本不接受她的解释，并且表示他的记忆在慢慢恢复，而他想起越多就越恨简。

佩灵顿得知了罗曼想杀简的事情，决定不再保密沙暴组织的身份，将谢培德和罗曼是恐怖组织的身份曝光。简不能让罗曼被当成卖国贼，她只能将罗曼的记忆在恢复的事情，告诉佩灵顿，可佩灵顿却因此要将罗曼送进中情局的黑狱。

萨帕塔想要更多帕克的信息，以逼帕克说出实情，所以去找帕特森要线索，结果发现戴文怀孕五周。为了戴文和孩子，帕克决定跟FBI合作，将存有谢培德计划和财务的仓库地址告诉柯特，只要求柯特让戴文成功在伦敦着陆。

柯特前往仓库，发现那里被设计成跟他们的办公室一模一样，而他们还没有找到所要的文件之时，就遭到了袭击。此刻谢培德带着她的人，侵入了FBI的系统，伪装成有杀手闯入的假象，致使系统紧急疏散所有人员而让门户大开，谢培德也因此朝着纽约办而来。

佩灵顿要求帕特森将数据转移之时，得知杀手闯入，他便亲自带队去狙击杀手，却没想到却中了谢培德的计，最终被谢培德逮捕。帕特森为了控制谢培德，不得不将系统关闭，困住谢培德，可没想到谢培德却因此大开杀戒，逼佩灵顿交出他的密码。佩灵顿不肯合作，谢培德一直残杀情报局的探员，让其中布里安娜因此泄露了柯特的密码给谢培德。

谢培德得到柯特的密码，成功控制了帕特森的系统，解除了关闭警报，而帕特森因为权限没有柯特的高，只能眼睁睁看着谢培德逃脱。谢培德逃脱之后，便向FBI的办公室前来，帕特森为了保住信息，不得不将系统导入传输模式，让谢培德没办法动那些数据。

柯特和简知道谢培德入侵纽约办的事情，他们只能想办法闯进纽约办，可没想到一进去就发现了谢培德藏在那里的炸弹，知道谢培德想要炸掉整幢大楼。谢培德在监控里看到了罗曼，于是带人先去见罗曼，想要说服罗曼跟她一起离开。因为帕特森的设置的模式即将解除，谢培德才准备实行他们的计划，可没想到这时柯特已经拆掉了她藏在地下室里的炸弹。

帕特森与里德和萨帕塔汇合，准备阻止谢培德的计划，而她一开始行动就被谢培德发现了，里德只有与萨帕塔合作，在门口给帕特森挡路，杀死所有前来的恐怖分子。谢培德没有办法阻止帕特森，只能派帕克去杀了帕特森，结果遭到了萨帕塔和里德的袭击。就在里德他们以为危险解除之时，帕克突然向萨帕塔开了一枪，里德只好乱枪杀死帕克。

简和柯特找到第二个炸弹之时，谢培德的人已经发现了他们，他们唯有分开行动，由简拆除炸弹，柯特对付恐怖分子，最终成功拆除炸弹。柯特他们去找谢培德之时，谢培德已经成功控制了罗曼，让罗曼再次站在了她那一边，柯特只好让简在攻入诊疗室之时，去对付谢培德，他自己去对付罗曼，可没想到攻进去之时，谢培德他们均已逃跑了。

帕特森的及时阻止，没有让谢培德预计轰炸的六座联邦大楼成功爆炸，只有旧金山和波士顿的两座大楼没能来得及，但幸运的是伤亡人数较小，百姓也没有伤亡。

帕特森一直在拼凑沙暴组织的文件，就在她与柯特他们喝酒之际，发现了一个两天前被捕的女囚戴文，因为越境运送军火被关在县监狱。简提议让她卧底接近戴文，可柯特认为戴文可能会认得简，所以萨帕塔建议由她卧底被警察逮捕关进县监狱。

一进监狱，萨帕塔就想办法接近戴文，可没想到戴文并不买她的账，于是她策划了一起告密事件，让戴文与其他女囚起冲突，她再救戴文，结果让她的囚房被烧。因为救了戴文一次，才让戴文愿意和萨帕塔交谈，也向萨帕塔透露了，怀特山的一个射击场，场主是韦斯。

柯特渐渐信任简和罗曼，想邀请他们来家里吃饭，简担心罗曼扛不住自责，会把艾玛的死告诉柯特，所以只能提前跟柯特坦白。柯特刚信任简和罗曼，就得知简欺骗了他，为了帮助罗曼隐瞒了罗曼杀死艾玛的事情，所以他生气地将简赶出了办公室。

帕特森怀疑韦斯就是戴文的男朋友，柯特于是把韦斯带回来问话，可得到结果却是，戴文的男朋友是沙暴组织的核心成员帕克。柯特让帕特森通知萨帕塔这个新发现，想要利用戴文抓住帕克，而此时戴文却在监狱里遭到了暗杀，让萨帕塔不得不涉险，想要帮助戴文越狱。

萨帕塔在柯特向她下命令，想要转移戴文之时，萨帕塔明确表示她要帮助戴文越狱，无论柯特答不答应她都要这么做，让柯特他们帮她的忙。阻止不了萨帕塔，柯特唯有全力帮助她越狱，在帕特森想好计划之后，柯特便假装电工进入监狱，打算让监狱断电。

断电之后，萨帕塔就带着戴文离开，可没想到却撞上了莉兹来找戴文的麻烦，让她们不得不大打一场。因为打架惊动了狱警，萨帕塔和戴文便趁此机会逃了出去，而此时铁丝网还通着电，简不得不开枪将监狱房顶的备用电给毁掉断电。成功越狱之后，萨帕塔说服戴文与帕克联系，帕克于是约戴文在熟食店见面。

柯特安排了人去熟食店，可没想到萨帕塔的信号突然停止，简这才觉得有问题，所以马上开车去追萨帕塔。到了废弃修车场，萨帕塔才知道戴文用了暗语，而帕克一见到萨帕塔就认出了她的身份，然后将萨帕塔给打晕了。帕克想要除掉柯特，正愁无法让柯特上钩，所以他便利用了被打伤的萨帕塔。

帕克将萨帕塔带到一个废弃工场，将她安置在一个压力感应炸弹之上，然后等柯特来救萨帕塔。帕克和戴文想要袭击来救人的柯特，简随后赶到带人与他们纠缠了起来，而柯特则趁此时用一个冰箱换下了炸弹上的萨帕塔，再去支援简，这才逮捕了帕克和戴文。

帕克拒绝开口，萨帕塔非常的愤怒，想要非常办法逼帕克开口，可柯特不答应让萨帕塔这么做，因为他们必须要坚守警察的底线。