沙织成功释放了被人工存储在地下的大量小宇宙，梵德格拉的研究所即将爆炸，星矢等人却陷入与暗黑圣斗士的苦战。辰己开来直升机救援，沙织、星矢等人在爆炸之际得以及时脱险了。沙织刚得知分别已久的爷爷光政的死讯而默默哀悼中，直升机却遭到不明攻击而坠落。原来是梵德格拉亲自穿上强化的暗黑圣衣复仇来了。

瞬、冰河、紫龙，甚至试图反抗的的沙织都一一被梵德格拉的科技力量所打趴在地，唯独星矢多次承受攻击又再三站起来挑战梵德格拉。星矢述说了自己与沙织初遇之时沙织如何尊重自己对姐姐的思念之情，梵德格拉没有正视人类的情感而是沉迷于自己的武力。

虽然星矢他们失去了黄金圣衣的头罩，但是沙织没有丝毫怪责之意，更把身上的珠宝首饰掉到海中，令众人重新燃起斗志。沙织从卫星的图片找到盖斯特的巢穴魔界岛的所在，於是星矢他们立刻出发前往。他们遇到毒岩虫及吸血蝙蝠的攻击，也要对付深海三怪的特袭，到了最后，只有星矢能够到达城堡，与盖斯特决战。星矢先破解了盖斯特的眩惑攻击，而且因为得到黄金圣衣的保护，在危难中打败了盖斯特，夺回头罩。

觉醒了天马座力量的星矢，向对方使出无数的流星拳，梵德格拉胸前的吸收装置终于承受不了星矢的无尽小宇宙力量而撑爆了。就此，星矢等人和暗黑圣斗士的战斗告一段落。星矢等人再次表示和雅典娜同进退时，一支冷箭毫无预兆地向沙织的胸口直射过来，让众人不知所措。这也是另一场壮烈战斗开始。

梵德格拉立志要让人类历史从众神的淫威下得到解放而组建军队，并用科学的力量开发出了暗黑圣斗士。他把自己和挚友城户光政的裂决归咎于雅典娜转世的城户沙织。辰己和沙织吵架，星矢带沙织散心，这时却遭受暗黑圣斗士的袭击，沙织被掳走。

沙织被带到梵德格拉面前，梵德格拉向她啰嗦了半天当年自己和光政如何领养婴儿沙织，自己如何担忧人类的未来，又如何和光政反目成仇云云，结论沙织必须死。及时赶到的星矢拦下了梵德格拉的一刀，梵德格拉又非常科学地解释了雅典娜如何跟哈迪斯、波寒冬将给人类带来浩劫有关。

沙织肯定对方为人类未来着想的想法，向梵德格拉合作，但被对方拒绝。星矢带着沙织逃走，和瞬、紫龙、冰河汇合，被暗黑圣斗士包围。这种情况下，沙织建议他们去释放梵德格拉存储于地下室的小宇宙能量。

原来，自从前任教皇死后，他的弟弟亚历士接任成为新任教皇。可是亚历士是一个野心家，在世界各地发动破坏，令烽烟四起，而圣域也在他的影响下，活像地狱一般。在狮子崖一战中夺回黄金圣衣头罩的星矢等人，把头罩藏在城户府邸中。另一方面，道格拉斯亦没有在山崩地裂中死去，黄金圣衣除头部外的其他部份已在他的手上。这一次，他袭击城户府邸，并掳走沙织，要胁星矢等人带同黄金圣衣的头罩来到竞技场交换。

救活圣衣需要用到大量圣斗士的血液，紫龙因此消耗了过半的鲜血，所以面对暗黑天龙的攻击渐渐无法招架。不过，相信友情的紫龙冒着生命危险，在血液不足的情况下使出了升龙霸，打败了暗黑天龙，自己则静待死亡。最后，暗黑天龙被他的友情感动了，用最后的一口气点了紫龙的真穴点，救回紫龙。

另一边，一辉和亚鲁哥正要开打时，瞬、紫龙、冰河跑来支援，一辉却溜走了。亚鲁哥持有的美杜莎之盾让瞬、冰河双双石化，沙织也面临石化的危机。于是紫龙自挖双目，凭借听风辩器的本领与对方战斗，一招“庐山升龙霸”击败亚鲁哥。因为白银圣斗士屡屡失败，教皇决定出动黄金圣斗士。

趁着伙伴休息，星矢在夜间散步时，原本是敌人的夏依娜跑来告诉他圣域已派出黄金圣斗士行刺，而来到星矢面前的正是过去拐走了星矢的姐姐星华的黄金圣斗士，狮子座艾欧里亚。艾欧里亚一举手指头就把星矢弹飞到十丈远，一边倒的战斗中夏依娜身负重伤。

穿上人马座黄金圣衣的星矢一边反击一边质问艾欧里亚。沙织和紫龙等人也来到战场，艾欧里亚感受到雅典娜的温暖小宇宙，逐渐理解哥哥艾欧罗斯还有星矢的想法，于是返回圣域。在圣域，叫板教皇的艾欧里亚开始了和仙女座沙加的千日之战。