在阿尔戈兽登场之后，奥米茄兽也随之出现。无论是速度还是力量上，奥米茄兽都远远胜过了阿尔戈兽！为了消灭奥米茄兽，阿尔戈兽同化了整个网络世界，并且向奥米茄兽发起进攻。

不过这些攻击全部被奥米茄兽躲过，同时奥米茄兽轻松近身，然后直接秒杀了阿尔戈兽。但是危机并没有解除，导弹依旧飞向了东京。关键时刻，奥米茄兽一剑挥出，导弹在太空爆炸！

奥叔这个外挂只是暂时上线，而且太一去的地方也不是真正的数码宝贝世界，这次危机解决后太一又回到了现实世界，并且和光子郎进行了信息上的交流和传递。这事理论上来说只有太一和阿和知道是怎么回事，但嘉儿和阿武似乎都感知到了，嘉儿还在这里主动谢自己的哥哥，这让太一很诧异。

不过新的危机又来袭了，还是数码宝贝世界造成的影响，导致城市出现了大规模的停电，一切系统陷入到了瘫痪中，给留给太一解决危机的时间并不是很多，他还要再去数码宝贝世界解决这次的危机。

新的数码宝贝世界还是那片迷人的电子海，不多整体的滤镜和特效渲染上比较模糊和光污染，不过依旧是美丽的数码宝贝世界，这里太一和亚古兽再次相遇。

因为网络世界遭受到了阿尔戈兽的攻击，现实世界受到了很大的影响。在这里，太一和暴龙兽遇到了阿和和加鲁鲁兽。本来太一打算双方一同作战，没想到却被阿和拒绝。在阿尔戈兽们的破坏下，美国一艘潜艇的导弹被控制，而导弹的发射方向正是东京！为了拯救人类世界，高冷的阿和不得已和太一以及光子郎组成了联盟，而他们三人的分工也非常明确，太一和阿和负责在数码世界战斗，而光子郎则在现实世界中指挥并辅助太一和阿和的行动。

成熟期的Boss阿尔戈兽很容易就解决了，然而危机还没结束，阿尔戈兽很快就进化成了完全体，这时成熟期的暴龙兽和加鲁鲁兽就有些力不从心了。关键时刻，阿和展现出了他的谋略，他心中有一个克敌制胜的战法，但是因为担心加鲁鲁兽的安危而非常犹豫。此时太一的领导力再次展现，他坚定地相信和支持了阿和，让加鲁鲁兽和暴龙兽再次上场，同时，两人神圣计划中的勇气和友情的标志再次发光，给了暴龙兽和加鲁鲁兽极大的加持。不过新的危机来临，恐怖的危险将席卷东京。

为了保护自己的故乡，暴龙兽与加鲁鲁兽决定联手作战。不过遗憾的是，他们的联手并没有消灭敌人，反倒是让究极体的阿尔戈兽登场！就在他们陷入绝望的时候，凭借着嘉儿和阿武还一脸懵逼的力量，让暴龙兽与加鲁鲁兽有了合体进化的感觉，超越究极体的奥米茄兽从天而降！

因为数码宝贝在网络世界的破坏，造成了现实世界的混乱，红绿灯失灵，电话无法通讯，最为恐怖的，是新干线上的特快列车也失去了控制，如果混乱长时间维持下去，那么特快列车之间将会发生碰撞，后果不堪设想。

平常的一天到来了，妈妈带着嘉儿乘上新干线。可是没有过多久，却突然发现整个网络世界崩溃，甚至新干线也无法停止。另外一边，光子郎与太一相遇，并且注意到了这个现象。

光子郎就住在太一的楼上，因此在现实世界出现混乱后，他第一个找上了太一。而太一因为妈妈和妹妹在特快列车上，顿时慌了神，迅速跑向列车站，希望营救妈妈和妹妹。而就在他奔跑的途中，滚球兽开始召唤太一，太一也因此直接进入了网络世界。

因为担心妈妈与妹妹，太一独自前往站台，因为救人心切，充满勇气的他却意外的穿越到了一个新的数码世界。刚开始太一当然一脸懵，还好光子郎智囊的人设并没有丢，他很快研究清楚了现状，并告诉了太一，数码宝贝就是网络世界的一堆数据，而现在，列车失控正是因为数码宝贝在网络世界中攻击列车的网络。茫然无知的他，看到了滚球兽。在太一的帮助下，滚球兽进化成了亚古兽！

原来数码世界控制着现实世界的网络，因为幼年阿耳戈兽的捣乱，使得数码世界崩溃，对现实世界造成了影响。在太一与亚古兽的帮助下，幼年阿耳戈兽大部分被消灭，唯独留下的一只，却在此时进化，太一与亚古兽陷入危机！