本季始于X档案被终结，穆德与史卡利分别被派给不同的任务，但穆德仍时时注意任何有关X档案的案件，并常找史卡利帮忙。由于演员姬莲·安德森怀孕，制作人将剧情发展成史卡利被外星人绑架，消失了一阵子。当然，那时候姬莲·安德森跑去医院生产了。在不断的寻找下，史卡利奇迹似的被送回到一家医院，自此以后，X档案进入一新阶段。这季主要仍围着不可解释的自然现象及外星人打转，结束于穆德的父亲被暗杀身亡，穆德千里迢迢到新墨西哥寻找证据。