正在读初中三年级的女生——日暮篱是一名家住在神社的普通女孩子。15岁生日那天，不慎掉入（被神社蜈蚣妖怪拖入）神社的枯井中，来到了500年前的日本战国时代，并与已被封印的半妖——犬夜叉相遇。犬夜叉自称是为得到四魂之玉以成为真正的妖怪，实际上并非完全如此。来到战国时代的阿篱被认出是曾是犬夜叉的情人，但因误会成将犬夜叉封印的女巫桔梗的转世。由于阿篱不小心将四魂之玉用箭射碎，并散至各地。犬夜叉、阿篱以及后来出现的朋友七宝、弥勒和珊瑚踏上了搜集四魂之玉并打倒敌人——奈落的旅途。