杨过闯进了寒潭底的洞口，果然见到了十六年未见的小龙女，久别重逢的喜悦溢于言表。和小龙女重逢，杨过才觉得一个人还是深情的好，如若他不是对小龙女依然痴情，就不会跳下断肠崖，那么此生就会与小龙女错过。
小龙女跟杨过讲述了十六年来在崖底的生活，杨过也与小龙女讲述十六年行侠仗义的生活。郭襄被金轮国师抓回去要挟郭靖，到了襄阳就听说蒙古大军偷袭襄阳，连郭靖也受了伤，黄蓉就更加心急地赶回了襄阳。
金轮国师挟持郭襄，蒙古大军兵临襄阳城下，威逼郭靖投降，否则就将郭襄烧死。郭靖绝不投降，郭襄也毫无畏惧，还教训起金轮国师来，金轮国师要给蒙古大汗一个交代，于是威逼郭靖在他数十声之内做出决定。
郭靖让郭襄从容就义，他日定当为她报仇，于是蒙古大汗下令放火烧郭襄。黄蓉心疼郭襄想出城迎救，被郭靖阻止，她只能抱着郭靖痛哭，幸好杨过和小龙女与大雕一起及时出现。蒙古大汗下令全军攻击，郭靖等人只能出城与蒙古大军对抗。
杨过与小龙女难得重逢，一时忘记了黯然消魂掌，差点命丧于金轮国师之手，幸好在紧要关头，看到小龙女的身影，打败了金轮国师。金轮国师临死前依然对郭襄甚为疼惜，在紧急关头救了即将被火焚烧的郭襄，然后从容葬身于火海之中。
蒙古大汗下令全歼宋军，耶律齐又被蒙古大军所困，郭芙情急之下只能去找杨过帮忙，但看到杨过的断臂她突然顿悟，于是跪求杨过。杨过见郭芙下跪马上扶起她，并表示耶律齐是他的兄弟，他不会见死不救。
救下耶律齐，杨过与郭芙多年的恩怨总算化解，而蒙古大军却越来越多，杨过只能先将蒙古大汗杀死击退敌军。敌军击退后郭靖谈起了洪七公，杨过才想起来还未将洪七公的死讯告诉郭靖，于是大家便前去华山之巅拜祭洪七公和欧阳峰。
在华山之巅上，昔日的五绝只剩下东邪和南帝，大家决定重新推举五绝，并将五绝之称号做了小小修改。杨过和郭靖接任西毒和北丐的位置，并更改为北侠和西狂，而一灯大师的南帝改为南僧，五绝之手则推举心中无名利的周伯通来担任，由此新的五绝诞生。
华山拜别后，杨过决定与小龙女归隐古墓，过着神仙眷侣的生活。…
黄蓉和陆无双、程英到百花谷找周伯通，才知道周伯通、瑛姑和一灯大师三人几十年的恩怨已然化解甚为高兴。听说郭襄被金轮国师所抓，周伯通和一灯大师都答应要相助于黄蓉，一起去把郭襄救出来。
周伯通想起他刻有字的蜜蜂，马上带黄蓉去开开眼界，黄蓉看到蜜蜂身上刻有“我在绝情谷底”等字。黄蓉一猜就知道蜜蜂是从外面飞进来的，猜想或许小龙女还在世上，所以马上决定跟周伯通他们一起先去绝情谷。
杨过在断肠崖等小龙女信守约定，他心里知道南海神尼是黄蓉编造出来的，只盼能有奇迹小龙女能如约前来相聚。郭襄担心杨过会自尽，苦苦求得金轮国师带她前往绝情谷，她一定要用最后一枚金针让杨过断绝自尽之念。
过了相约之日，杨过只能醒悟，十六年前小龙女早已经葬身于断肠崖之下，他也不想苟活于人世，毅然跳下了断肠崖。郭襄还来不及阻止杨过，杨过就已经跳下去，他也只能不顾一切的往下跳。
杨过看到断肠崖下的寒潭底有一个洞口，本想下去查看却发现郭襄跳了下来，他只能先将郭襄救上去。郭襄得救后马上拿出金针，要求杨过必须信守对她的承论，应允无论是否与小龙女再相聚，都不得自寻短见。
黄蓉等人到了断肠崖，只见金轮国师一人，手上还有郭襄的半边衣袖，认为是金轮国师把郭襄推下崖底，愤怒地找金轮国师报仇。就在与金轮国师纠缠之时，黄药师也到了断肠崖，知道郭襄被金轮国师害死，他们决心一起对付金轮国师。
金轮国师被擒后，想要自行了断，周伯通因为他的新奇武功不愿他这样先死，于是点了他几处要穴。金轮国师趁郭襄一人在崖顶之时，骗郭襄替他解了穴，然后强行把郭襄带走。
杨过在谷底发现了玉蜂，并且看到了玉蜂上面的字，相信小龙女很可能还在世，于是下寒潭底的洞寻找小龙女。集合了绝情谷所有绳子，黄蓉他们才到了断肠崖底，可是却不见杨过的身影，只见刻有字的玉蜂，于是黄蓉决定下寒潭里找寻杨过的下落。…
杨过途经铁枪庙，偶遇柯镇恶与杨康当年的三名手下，柯镇恶对杨康所做所为极为不耻，杨过忍不住出手质问清楚。柯镇恶把当年杨康的所作所为告诉杨过，杨过才知道生父做下了许多错事，而他的死是咎由自取，杨过也不能怪罪于任何人。
郭襄为阻止杨过自杀之念，私自离开了襄阳，郭靖派人捎信给柯镇恶，柯镇恶才打听出郭襄已落入蒙古人之手。杨过请求柯镇恶重新帮杨康立碑，而他则想办法去蒙古军营搭救被擒的郭襄。
郭襄被金轮国师所擒，打算用她来威胁郭靖投降，没想到郭襄聪明机智悟性极高，让金轮国师忍不住想要收她为徒。郭襄不屑成为金轮国师的徒弟，扬言金轮国师不是杨过的对手，逼着金轮国师带她去绝情谷，只要他能胜过杨过，但拜他为师。
在金轮国师的一番游说之下，郭襄要求金轮国师不再乱杀无辜，她才愿意拜金轮国师为师。金轮国师收下郭襄为徒之后，发现她的确是个练武奇才，对她更是喜欢，想用佛法熏陶郭襄，没想到郭襄一心只想去见杨过，根本无法参佛。
黄蓉带着陆无双和程英，想一起去找周伯通帮忙搭救郭襄，没想到一到百花谷，周伯通见到黄蓉来了马上躲了起来。一灯大师及时出现，黄蓉才明白过来，周伯通与一灯大师、瑛姑几十年的恩怨已经化解，他们都答应出手相救郭襄。
见到黄蓉，周伯通忍不住跟黄蓉炫耀他养的蜜蜂身上有字，于是拉着黄蓉去看。黄蓉本不相信周伯通的话，待周伯通抓来蜜蜂给她看时，她才发现蜜蜂上刻了我在绝情谷底的字样。…
