由章鱼进化而来的咔咔一家（咔咔、吖吖、唔唔、咕咕、嘟嘟、同村弟弟噜噜），本在一座小岛上过着清贫然而自在的生活。没成想海盗王克鲁巴率领鲨鱼兵团（克鲁巴、布痴吾、齐根、皮姆、趴豆、卡扎、卡墩儿）突然闯入，并索要所谓半张“藏宝图”，彻底打破了这家人的平静。关于藏宝图，据说克鲁巴手里已经有半张他爷爷当年留下的，如果可以跟咔咔爷爷留下的半张合起来，就可以根据宝图的指示去挖掘更多宝藏。咔咔从未见过爷爷，对藏宝图更是闻所未闻，自然交不出，克鲁巴手下就势掳走了咔咔的小儿子嘟嘟，并给七天时间作为交换期限。为尽早救出嘟嘟，咔咔只好抄近路走上一座无人岛，却意外发现了一个惊天秘密，原来无人岛的主人竟是咔咔的爷爷奇咔。在爷爷生前使用的海盗船上，除了一块破抹布，并没有找到什么藏宝图。但一本《航海日志》却记录了咔咔家和克鲁巴家的祖辈们一直是劫富济贫的海盗兄弟。这个发现让咔咔百感交集。克鲁巴一方，已被小嘟嘟闹的天翻地覆，在仅剩下最后一天时，咔咔开着爷爷的大船，带领家人救走嘟嘟，克鲁巴兵团随后发现，两家大打出手，一场飓风将所有人卷入海底。 　　海底另有两股势力，长足章鱼和人鱼族。长足章鱼长久以来不断掠夺海底资源，对海洋生物和海洋环境都造成了不同程度的破坏，和长足章鱼不同的是，人鱼族以保护这片海域为己任，双方一直是势不两立。但他们的共同点是都觊觎着藏宝图。这次咔咔和克鲁巴被卷入海底，实际上是他们暗中所为。咔咔家族到达海底后，被人鱼族娜娜接走。而克鲁巴兵团则让长足章鱼给掳了去。 　　在人鱼族那里，咔咔等人第一次从智者鱼仙人那里知道了自己进化的由来，也见识了直接导致他们进化成陆地人的飞船。原来咔咔家族和克鲁巴兵团的祖先之所以变成了现在的模样，是因为吃了6500万年前坠落在海底的飞船上的小药丸。言归正传，克鲁巴受到长足章鱼的蛊惑，向咔咔继续骗取藏宝图，当克鲁巴主动交出自己的半张时，竟和咔咔的破抹布（已被咔咔折成老鼠）合二为一……长足章鱼赶来索要宝图，咔咔和人鱼族哪里肯交出，旧恨新仇，长足章鱼向人鱼族和咔咔家族发起进攻，克鲁巴兵团虽立场摇摆，但牵涉到藏宝图的归处，于是也加入进去，陷入四方混战。激战中，咔咔家族和克鲁巴兵团意外被百慕大的涡流吸进…… 　　咔咔家族和克鲁巴兵团被冲到恐龙岛上。当所有人苏醒过来的时候，唯独不见了三个女人，吖吖、唔唔、它它蜜。祸不单行，藏宝图也被翼龙叼了去。咔咔踏上了艰险的寻亲路，克鲁巴兵团既想寻找藏宝图又想早些回家，就暂且和咔咔家族结成同盟，共同对抗恐龙岛上的艰难险阻。他们经历了食人花、食人树、翼龙，霸王龙……在这个过程中，双方的矛盾逐渐化解，友谊一点点建立。最后他们在梁龙泰德的带领下，走出了险境，进入一个洞口，来到地灵王国。 　　到了地灵王国，却发现吖吖、唔唔、它它蜜早已被地灵人接到这里。亲人相见后，地灵人带领咔咔去看了一艘飞船。这一看，令所有人都目瞪口呆，飞船上一切的装备都带有咔咔的头像，这一点，连地灵人都无法解释。所以，地灵人这些年来，能做的就是找寻咔咔，暗中观察咔咔，寻找合适的机会把咔咔带到这里，告诉他这里有他的使命。果不其然，任务很快就到了。外星球的邪恶势力（白色种族）卷土重来了，自从6500万年前他们的运输船被地灵人击落到海底后，他们一直在积蓄能量准备对地球和地灵王国再次进行毁灭性打击，这次他们进行的是“破坏黑洞计划”，如果成功，地球等几大星球联合体上的时间将完全被颠覆，社会秩序全面打乱…… 　　几大星球危在旦夕又束手无策。仿佛冥冥中注定，地灵人和地球人商讨后，认为此番战争非咔咔出山不可。于是，咔咔受命于危难之间，带领着他的家人和克鲁巴团队，登上飞船，向邪恶星球发起进攻。 　　大战异常艰难惨烈，就在千钧一发之时，咔咔捣毁白色种族的能量供给站，白色种族在没有后援的情况下节节败退。最终咔咔兵团摧毁了白色种族的阴谋诡计，取得这场战役的胜利。与此同时，鲜花、荣誉、地位纷至沓来，然而都被咔咔一一婉拒，从一个普普通通的渔民，到今天成功保护住几大星球，咔咔相信发生的这一系列事情并非偶然…… 　　藏宝图上的标识渐次闪亮着，咔咔耳边有个声音在一直回响着，咔咔开始对星球，对人类，开始有了更深更远的思索。于是咔咔带领着家人、克鲁巴兵团、地灵人、地球人阿杰，驾驶着飞船再次上路了，据说之后他们去了液态星球、气态星球、无机星球。