该作背景设定与《究极风暴：世代》相同，游戏并无主线剧情，而是以章节故事的形式展开。故事包含三个章节：两个宇智波之章、晓之创立之章、遥远希望之章，三个章节均为原创故事，岸本齐史亲自监制。 　　宇智波章节讲述了屠族之前的暗部宇智波鼬与宇智波止水之间的故事，晓之创立章节讲述了佩恩与小南如何在阿飞的指引下一个一个地招募晓成员的故事，遥远希望之章讲述了鸣人母亲玖辛奈与水门小队之间的故事。