北海道根室的纳沙布岬被深沉浓厚的雾气所笼罩，透过浓雾，隐约可见三个晃动的人影正在架设观测仪器；最高的那位是G.P.N(GodzillaPredictionNetwork)哥吉拉警报组织主席篠田雄二，在他旁边的是他的女儿衣绪。而另一个窈窕的身影是科学杂志记者一之濑由纪。筱田是目前日本最顶尖的怪兽专家为创立哥吉拉情报组织，便毅然离开了在大学的教职旅行日本各地,此组织的功能是预测怪兽下回可能上陆的地点，以避免引发大灾难.一之濑由纪无法理解解筱田对怪兽的热情,不过她支持筱田对於及时预报哥吉拉的来到而把伤害减到最低来保护我们所心爱之人的信念。仪器观测到移动的震源，代表哥吉拉正在地下移动，不久之後哥吉拉便从海中上陆了，筱田试图以4WD车靠近,但倘若被哥吉拉看到，是绝对无法逃脱它的攻击的!哥吉拉以55公尺高的身躯及无敌的力量破坏根室市，人们惊慌地逃窜，住宅纷纷停电，街道一片混乱并引发大火，消防车与救护车的声音不绝於耳，熊熊烈火火光冲天，映出哥吉拉恐怖的身影，它的叫声整夜回汤在根室市内。当地发电厂惨遭破坏，一路追踪哥吉拉的筱田见到这种情境，当一之濑由纪听到筱田说：「难道嘎吉拉是要表达对我们人类破坏大自然的恨意吗?」时，她不禁感到害怕。另一方面，一周前，一个直径200公尺的大岩石在茨城县鹿岛外海的日本海沟被发现。根据CCI(危机管理情报局)科学家宫?四郎调查结果，这怪石是大约6000万年前坠落的陨石，其组成是地球上所不存在的未知矿物，可望取代铀成为更经济乾净的新能源。於是人们试图将其捞起，但怪事发生了，岩石自行从海底浮上海面。宫?又对于这不可思议的浮石做其他研究，他很纳闷这东西是否为活体，「这是不是外星来的未知生命呢??」他心想........哥吉拉再度在东海村的核能发电厂出现，内阁官房副长官兼CCI局长片桐光男领导自卫队死守核电厂，筱田不顾片桐的劝阻赶往当地进行观察。片桐要使用最先进的合金飞弹反击哥吉拉，穿透它的厚皮。就在飞弹即将成功击败哥吉拉时，片桐从宫阪那得知了个惊人的消息-----神秘的浮石正朝他们飞来!哥吉拉VS"巨大飞石"：哥吉拉自嘴里向岩石放出热线，它的威力使得覆盖在外的石头崩毁而露出其惊人的原形!!!巨大UFO!!!UFO使用波动攻击将怪兽打入海中，失去踪迹。不过哥吉拉最後放射的热线也使UFO飞出，坠落於茨城县鹿?市北浦，停止活动。然而现场采访篠田行动的一之濑的掌上电脑却遭这未知物侵入，它在蒐罗哥吉拉的各项资料。筱田与宫阪从大学时代就已经认识,现在,他们要合作搜寻哥吉拉所遗留下的细胞和UFO.然而真是令人难以置信，没有任何生命迹象在UFO中。这难道是对我们来说前所未闻的外星生命型态?渐渐地，他们意识到哥吉拉细胞神奇的复原能力在於其中所涵的特殊构造，筱田将其命名成「组织者G-1」.筱田说：「哥吉拉全身充满了惊异!藉由研究它我们可能可以解开地球生命之谜。」太阳从乌云中露脸，巨大UFO突然又开始活动，它挣脱了强力磁场的束缚，向东京最繁忙的新宿区副都心飞去，它到底想要干什麼？UFO降落在新宿的铁塔城市大楼上，随著黑夜降临停止活动。一之濑独自跑到顶楼电脑室调查它的意图，筱田随後赶到劝她赶紧逃生，因为片桐在那里埋设炸药，试图在21：10炸掉UFO。然而计划失败了，筱田从爆破的大楼死里逃生，而被激怒的UFO浮到空中降落在别栋大楼上，它侵入网际网路，伸出触手改变周围大气使其适合自己生存。原来这UFO是漂流在宇宙的生命体，在旅程里它放弃了肉体，坠落地球掉入深海後，因为缺乏光线沉睡了6000万年，直到人类把它捞起。现在没有形体的生命想想藉由G细胞中的组织者G-1取得形体以征服地球，於是它找上了哥吉拉。此时，哥吉拉从东京湾出现来找UFO复仇，面对猎物哥吉拉的外星生命在外型上发生重大改变，吸收组织者G-1的它，产生初步肉体成为宇宙怪兽欧鲁加，并紧咬哥吉拉不放，它想要变成另一只哥吉拉成为新的地球支配者。忽然，欧鲁加张开大口把哥吉拉上半身吞了进去，组织者G-1源源不断流进欧鲁加体内，它连背鳍都长出来了。但是没想到哥吉拉发挥令人惊异的能力，放出热线从欧鲁加体内毁灭了它。打胜仗的哥吉拉在四周燃起的火光中仰天长叫，并且将攻势对象转向片桐，在把他杀了以後，哥吉拉发出愤怒的热线把新宿烧尽。“哥斯拉”这个闻名于世的怪兽之王，它又回来了！