亚历克斯对凯拉展开攻击，就在她要向凯拉砍去时，荣恩带来了她的母亲，在母亲的劝说下，亚历克斯找到了自我，挣脱了诺恩的控制，回到了凯拉身边。
格兰特想到了一个办法，让女超人向全市直播，让人类听到她的声音，这个方法似乎凑效，让所有人都醒了过来，诺恩的“大清洗”活动失败，“靛蓝”让诺恩杀掉所有的人类…
生活又重回正轨，莱恩上校来到national市看望自己的女儿露西，超人还未醒过来，莱恩下令把荣恩关进监狱，让露西强烈反对，他救下了这座城市，并非所有的外星人都是邪恶的。亚历克斯的母亲找到亚历克斯，询问她父亲的事，亚历克斯告诉她，父亲还活着，正在这时，洛德来到行动部，他告诉凯拉，诺恩打算杀了全人类，他们用声波控制人类神经，现在别无办法，连洛德也没有招了。只能去切断这个信号源，人类才可能得救，但危险性相当大，凯拉也可能没命。
凯拉回到公司，和昔日的朋友，和上司格兰特一一告别之后，她知道此次前去凶多吉少，和荣恩一起去完成这个任务，诺恩和靛蓝出来与他们交战，但随着时间越来越短，声波已接近一个峰值，人类疼痛难忍。凯拉和荣恩打败他们过后，被靛蓝告知他们关不了，系统已经被她锁上了，凯拉为了保护地球，她一个人把罗斯堡带离地球，她也永远离开他们。
当凯拉醒来时，发现自己躺在行动部，她一脸迷惑，想不到亚历克斯用凯拉来到地球时的小飞行器救了她，所有人都欢迎凯拉回归，莱恩上校也传达了令人可喜得消息，总统同意赦免荣恩恢复他行动部部长的身份。
格兰特也给凯拉升职，她不再是格兰特的助理，终于有了属于自己的办公室，亚历克斯一家和凯拉的两位朋友一起庆祝，吉米向凯拉表达了爱意，正在一家人干杯时，一辆来自氪星的飞船来到地球，凯拉和荣恩赶到，当凯拉打开飞船时，震惊了她的双眼……
大清洗行动开始，诺恩下令释放囚犯，所有的人类听从诺恩的指令，露西放走了所有的的囚犯，整座national城被诺恩控制，所有人都听从诺恩的指令，莱恩上校封锁了national市的每个出口。
凯拉来到卡克公司，所有的人都被外星人控制头脑，唯独格兰特没有受控制，这时克拉克给凯拉发来信息，连超人也受到了“大清洗”的影响。令人意外的是，洛德也没有受到大脑控制。格兰特没有受到影响因为她戴了洛德送给她的耳环。里面含有抗干扰信号的物质。
亚历克斯和荣恩变形后回到了亚历克斯的妈妈家，听说national事件后，亚历克斯要回到妹妹身边和她并肩作战，被荣恩阻止。
凯拉唯一的选择是和洛德合作，他研究了一种武器对付氪星人，是一种装有氪星石灰尘的炸弹，会扩散到全城，外星人窒息，但是需要凯拉引爆，飞上天，她就可以逃走可能在50年后才能飞回national市，但是人类也会受到冲击波的影响，伤亡人数占总人口的百分之八。但这是挽救national城的唯一办法。
亚历克斯和荣恩与妈妈告别之后，出发去national市。为了保护亚历克斯的心智不受控制，荣恩消耗了大量的能量，这时“靛蓝”出现，她诉说荣恩的火星族人被烧死，开心的挑衅，引起了荣恩的愤怒，“靛蓝”抓住了亚历克斯，逼荣恩就范，为了保护亚历克斯，他放弃了。
亚历克斯被诺恩利用，他要让凯拉感到害怕和恐慌。…
温把西沃恩送到行动部，汉密尔顿医生发现西沃恩只是普通的的人类，不过她也不能解释为什么西沃恩有超能力，正当西沃恩要离开时，她遭受强大的脑电波影响，他路过时，发现露西和一个被关在监狱里的囚犯说话，她说她出去后要控制格兰特和女超人的大脑。温把西沃恩带离出去。
格兰特带了一盒蛋糕，用它喻意，暗中示意她去给吉米表白，西沃恩再次受到脑电波的干扰，她径直走到卡克公司，温试图拉住她，但她力大无穷，用超音波将凯拉震出窗外，凯拉一时失去知觉，幸好一位闪电侠巴里·艾伦救下了她，但他称他来错了地球，他想回家。凯拉把她的两位朋友介绍给了巴里，凯拉特别喜欢和这个外星朋友聊天，细心的温发现吉米嫉妒的表情。
凯拉从高楼坠落后被人救下已经成为头条新闻，national市又出现了一位超级英雄，西沃恩去看望姑妈，她需要姑妈帮助，她得到一个惊人的消息，他们家族，在很久以前偷了海妖的东西，他们家世代受到了海妖的诅咒，要破除诅咒必须杀掉让她愤怒的目标，否则她的灵魂也将毁灭。
为了复仇的西沃恩找到“火线”，用超音波震碎了玻璃，让“火线”逃脱，格兰特面临着两位复仇者，凯拉找到巴里，两人合作保护格兰特。很快得到行动部的帮助，巴里通过追踪知道“火线”的踪影，两人赶到时，却得知“火线”和西沃恩联合，让凯拉的计划失败，两人负伤撤走。
“火线”和西沃恩来到卡克公司，找到格兰特，温尝试说服西沃恩，但是西沃恩已经听不进任何话，她已经成为“银妖”，他们绑架了格兰特，让女超人和闪电侠去national公园，“火线”把闪电侠引开，又回到公园，两人联合攻打凯拉，凯拉为了保护直升机自己受伤，同时人们也再次相信了女超人，人们冲上来保护女超人，消防员来到给“火线”喷水，解救了女超人，凯拉帮助闪电侠回家，用他们两人速度相加送帮助巴里回家，巴里出发前鼓励凯拉和吉米也要加快速度。凯拉鼓起勇气吻了吉米，但是吉米的反应让凯拉感到迷惑，他呆若木鸡，参与和街道上的游行……
