2019年1月,邓超元以少城时代练习生的名义,参加爱奇艺青年励志综艺节目《青春有你》。2月,在第四期节目中,凭借《Dream》获得第一次舞台公演现场投票第一名 ;同月,参加游戏类互动综艺节目《青春艺能学院》 。4月5日,获得《青春有你》总决赛排名第13位 。4月30日,发行首支音乐单曲《SuperTalk》 。7月2日,其参加的腾讯视频全明星篮球竞技真人秀节目《超级企鹅联盟Super3:星斗场》首播 。7月12日,发行个人第二支音乐单曲《燃亮的光》 。10月,主演青春校园剧《我凭本事单身》,饰演秦深 。12月1日,出席第2届海南岛国际电影节开幕式,参与演唱歌曲《海南海南》 。12月,主演青春校园剧《夏夜知君暖》,饰演君夜 。
2020年1月,获得由中国国际文化传播中心,亚洲音乐盛典组委会主办的2019亚洲新人榜年度盛典“年度最佳新人歌手奖” 。3月14日,白色情人节当天发行个人第三支音乐单曲《别忘了我》。6月,参演都市爱情剧《人海之中遇见你》 。
2021年8月10日,特别出演的怀旧暖心轻喜剧《亲爱的爸妈》在北京卫视播出 ,在剧中饰演季风/谢思彬 。
2021年5月8日,赵尧珂发长文控诉邓超元与其他女生暧昧,并发出了多张聊天记录,揭露邓超元真实性格。据赵尧珂所说,两人恋情已满半年,而此前有狗仔拍到两人玩密室逃脱 。