克隆人战争进入到第三年，绝地武士团率领的大共和国军与独立星系邦联陷入了一场席卷整个银河的苦战。恐怖的分离势力机器人军官格里弗斯将军奇袭共和国首都，绑架了最高议长帕尔帕廷（实际是帕尔帕廷一手策划的阴谋）。就在分离势力舰队企图带着人质逃离科洛桑时，欧比旺·克诺比（伊万·麦克格雷格饰）和阿纳金·天行者（海登·克里斯滕森饰）登上分离势力的旗舰“无形之手”号，展开了营救行动。星球大战前传3：西斯的复仇阿纳金救出议长，并在议长的不断授意下将杜库伯爵斩首，然后控制“无形之手”号迫降科洛桑地表。被击败的分离势力舰队退守外环星域。分离势力的末日似乎不远了，但帕尔帕廷命令绝地将军们加强进攻，一定要消灭格里弗斯将军，拒绝放弃紧急处置权。梅斯·温杜逐渐相信议长为了个人私利而想延长战争，见时机已成熟，帕尔帕廷（伊恩·麦克迪阿梅德饰）终于揭开了他的西斯真面目。很快，阿纳金·天行者知道了帕尔帕廷的真实身份——达斯·西迪厄斯，并告知了温杜。由于尤达大师在卡西克星球忙于应付分离势力的进攻，欧比旺在尤塔帕星球奋力追杀格里弗斯将军，因此温杜独自率队前去逮捕帕尔帕廷。帕尔帕廷又开始自己所擅长的表演，他装成虚弱的样子，博取阿纳金的同情。阿纳金·天行者在劝说温杜不要私自处死帕尔帕廷、要让他接受审判无果后，在混乱中砍断温杜的一只手，帕尔帕廷趁机攻击温杜，阿纳金很快被帕尔帕廷拉入黑暗面，在被帕尔帕廷赐名为达斯·维德后，他率领一个军团的克隆人士兵剿灭了绝地圣殿中的昔日同伴。帕尔帕廷启动了早已计划好的自动预防机制——66号指令，遍布银河的克隆人士兵向他们的绝地长官开火。维德赶赴穆斯塔法星球，将分离主义委员会一网打尽，结束了克隆人战争。在议会的欢呼声中，帕尔帕廷改组银河共和国后称帝，邪恶的西斯在延续千年的阴谋得手之后终于君临银河系，银河帝国在旧共和国崩溃后的灰烬中崛起。尤达和欧比旺·克诺比逃过一劫。他们搭乘贝尔·奥加纳议员的“坦蒂夫四号”飞船返回科洛桑。尤达在银河议会与新加冕的皇帝展开决斗。同时，欧比旺紧随阿纳金来到穆斯塔法。这对曾经的师徒也展开了生死对决。尤达只身去行刺皇帝，但他们的实力不分伯仲，在预知获胜无望后，尤达撤离科洛桑，与贝尔·奥加纳来到波利斯马萨小行星。欧比旺在熔岩湖的岸边依靠经验和地理优势，砍断了阿纳金的双腿和右臂，阿纳金落入熔岩里身受重伤面目全非。欧比旺带着阿纳金的光剑和濒临死亡的帕德梅（娜塔莉·波特曼饰），以及无限的悔恨失落地离开穆斯塔法。欧比旺也来到波利斯马萨，跟尤达、贝尔·奥加纳一起见证了天行者双胞胎兄妹的出世以及他们的母亲帕德梅·阿米达拉的去世。而阿纳金在被皇帝救走，经受了痛苦的外科手术后，被改造成了一个恐怖的半机器人。在帝国歼星舰上，从医疗室里浴火重生的已经不再是阿纳金，而是西斯尊主达斯·维德。维德同帝国皇帝达斯·西迪厄斯、帝国最高军事长官威尔赫夫·塔金一起，监视着死星的建造。尤达将失传已久的死后化作”绝地英灵“的技能传授给欧比旺，然后流亡至达戈巴，阿纳金的女儿莱娅交由奥加纳夫妇在奥德朗星球抚养。欧比旺将阿纳金的儿子卢克·天行者带到塔图因，交给阿纳金异父异母的兄弟欧文·拉尔斯抚养，自己改名为本·克诺比，暗中关注着卢克的成长。银河系唯一的希望落在了这对隐姓埋名的孪生兄妹身上 。
