明治十一年东京出现了一个浪人，一头红发，左颊有一个“十”字刀伤，手持一把逆刃刀，专门除强扶弱。传说中的“拔刀斋”又出现了，而“拔刀斋”却发誓不再杀人，而是要保护身边的朋友亲人，维护这个社会的和平。于是故事就这里开始了。英俊潇洒，剑术超强的飞天御剑流传人。曾经天下闻名的人斩拔刀斋，现在却是手握活人剑的正义浪客。在与邪恶作战的同时，也在不停地与昔日的自己作战。逆刃刀的刀锋是朝向自己的，每一次挥舞，都是在为自己往昔的罪而忏悔；脸上的十字疤痕常常隐隐作痛，而心中的痛更使他不停地在责罚自己。 剑客比古清十郎从强盗的手中救出了孤儿心太(幼年剑心)，传授他飞天御剑流的剑术，从此改变了他的一生。剑心学有所成，决意要用自己的剑术为饱受苦难的老百姓谋幸福，遂拜别师父下山，为了平息动乱，开拓新时代，剑心加入了长洲派维新志士行列，后来更成了“刽子手拔刀斋”，专职暗杀幕府要员的杀手。　　在一次行动中，剑心斩杀幕府护卫清里明良时，左颊也被划了一刀。伤疤久久不愈，而厮杀不断却看不到时局扭转，令剑心变得意志低落。某天夜里，剑心在路上被幕府刺客伏击，就在收拾敌人的当场，剑心遇见一个叫雪代巴的姑娘，心烦意乱的他，恰恰被巴的白梅花香味所吸引，而无家可归的巴，后来就在剑心等志士栖身的旅馆当帮厨。随着长洲派的力量在京都变弱，剑心服从上级安排，与巴假扮成药师夫妇隐居山野，暂时躲避风头。　　实际上，巴是为了替被剑心杀死的未婚夫清里明良报仇，而作为幕府组织“暗乃武”的一颗棋子出现在剑心身边的。但经过一年相处的点点滴滴，在简朴的生活中相知相依，巴已将这个曾经夺去她幸福的人，当成是重新赐予她幸福的人。剑心也体会到生活的美好，然而，这种美好随着“暗乃武”指使巴的弟弟雪代缘前来探望而走向尾声。　　在两人真正敞开了心扉，坦诚示爱的第二天，巴不辞而别离开了剑心，回组织接受处置。幕府奸细饭冢前来揭发巴的真正身份，唆使剑心前去“暗乃武”的据点找她，剑心因此落入敌方的重重陷阱，失去感官的剑心，奋力向敌方首领辰巳使出最后一击，岂料将冲出来救助剑心的巴也一并斩于刀下。剑心将奄奄一息的巴抱在怀里，悲痛欲绝。从首领手上夺过来的匕首握在巴的手中，她用尽最后的一口气，在剑心的左颊上横着划了一刀，永远让他背负着这个爱与恨交织的十字伤。