《董寨故事》讲述了在自然保护区长期工作的三位主人公和三种鸟的故事。他们是一家三代守护山林的护林员郭广森、数年如一日探寻发冠卷尾生存秘密的中山大学博士吕磊和为了保护朱鹮背井离乡的专家黄治学。影片通过讲述三位主人公与三种鸟类之间的故事，展现了自然之美和生命之美，同时，通过记录人与自然和谐共生的案例，启示人们生物多样性保护和生态保护的重要性。