故事在第一部《游击神兵》基础上继续发展，讲述三位聪明可爱、智勇双全的孩子：华小龙、马大虎和金小凤在游击队队长林东的带领下，组成少年“游击神兵”。他们用智慧一次次戳穿了鬼子的阴谋，破解汉奸的假药，配合大部队捣毁敌人修建的铁路， 毁坏敌人粮草库，谱写了新的游击神兵的动人事迹，展现了三个小主人公在战斗中一步步成熟，更加勇敢机智、可爱活泼的新形象。