世界中有 “魔女”，她们本平静生活，子孙渐失魔力也不在意。然而圣地的瘴气封印被解，其向世界扩散，有魔女遗传子的孩子魔力觉醒。为应对这状况，魔女最高干部决定向各地小学派特使，把这些孩子集中起来，传授在人间生存、自卫的法术，这些孩子便成了魔法少女，开启别样故事。