根据传说，能收集到七颗混沌翡翠(Chaos Emerald)就能获得强大的力量，邪恶天才科学家蛋头博士(Dr. Robothik)企图利用这股力量统治世界，但索尼克(Sonic the Hedgehog)却总是破坏他的计划。在一次的对决中，索尼克把蛋头博士的机器弄坏了，而蛋头博士博士在混乱之下，不小心按到机器的开关，使得故障的机器启动了混沌控制（Chaos Control）港台澳地区习惯译为混沌制御器，造成时空扭曲，把索尼克与他的伙伴们送往另一个世界。在这个世界，索尼克认识了一名叫克里斯的少年，与之成为莫逆之交，也在克里斯的帮助下，找回失散的同伴，但蛋头博士仍无放弃征服世界的野心，再度与索尼克展开死斗。