2006年底,郑鹏飞来到顺德业余体校,原本计划争取成为一名优秀的游泳运动员。但在综合考虑到他的起步以及平衡能力后,顺德体校副校长冯泽文认为他在游泳方面很难有更大的成就。不过,郑鹏飞跑步能力出众,耐力非常好。通过测试,发现他的心肺功能也十分不错。于是冯泽文和郑鹏飞达成一致,目标从游泳转向皮划艇。但要成为一名皮划艇运动员,前提条件也是要学会游泳。就这样,郑鹏飞被暂时“寄存”在游泳队,由游泳教练培养他的水性。之后,郑鹏飞还跟着水球队训练了一段时间。
皮划艇的训练极其辛苦且枯燥。每天上午6点到7点,下午4点半到6点,师从启蒙教练毛国斌的郑鹏飞以及队友都要进行水上训练,无论刮风下雨还是艳阳高照,这个计划雷打不动。如果条件允许,还会加练3个小时。除了水上训练,皮划艇运动员还要进行跑步训练增强耐力,而力量训练更是必修课。
2007年1月进入顺德区业余体校,开始接受皮划艇静水项目的基础性训练,也正是在这里,郑鹏飞的划艇梦开始启航,凭借着超出常人的刻苦训练,他进步迅速,于2009年顺利进入广东省皮划艇队。
2009年12月,郑鹏飞被挑选进入广东省皮划艇队参加集训,师从钟金汝、原有湖两位国家级教练员。一年之后,郑鹏飞就凭借出色的训练表现和优异的竞赛成绩,被招调为正式运动员。
2013年,郑鹏飞如愿进入国家队,参与仁川亚运会和里约奥运会两项大赛的备战。
2014年仁川亚运会,郑鹏飞/王日炜荣获男子双人划艇1000米亚军。
2014年静水皮划艇世界杯匈牙利站男子单人划艇5000米决赛中23分51秒640的成绩获得第6名
2017年9月6日,第十三届全运会皮划艇静水项目在海河吉兆桥段进行。男子1000米单人划艇中,广东选手郑鹏飞以3分05秒809收获金牌。
2018年8月6日,郑鹏飞入选雅加达亚运会中国代表团运动员名单。 8月30日,2018年雅加达亚运会皮划艇静水比赛男子单人划艇1000米决赛,郑鹏飞因为犯规被取消成绩。
2019年刘浩/郑鹏飞组合连续获得两站世界杯分站赛冠军,其中在杜伊斯堡站中力克两届世锦赛冠军、德国组合尤尔/克雷奇默,领先优势达1秒半之多,刷新男子双人划艇1000米项目当年世界最好成绩。
2021年郑鹏飞入选2020年东京奥运会中国体育代表团皮划艇项目运动员名单。[6-8]
2021年8月3日,东京奥运会进入第11个比赛日。皮划艇男子1000米双人划艇半决赛,中国组合刘浩/郑鹏飞获得小组第一,进A组决赛争金。 北京时间8月3日,在东京奥运会静水皮划艇男子1000米双人划艇决赛中,刘浩/郑鹏飞夺得银牌。
2021年9月23日,在中华人民共和国第十四届运动会皮划艇静水男子1000米双人划艇比赛中,获得冠军。
2021年9月,在第十四届运动会皮划艇静水-男子500米双人划艇比赛中,获得银牌。
2021年9月26日,中华人民共和国第十四届运动会皮划艇静水男子1000米单人划艇第1名。
2021年9月29日,广东省人民政府对参加第32届奥运会获奖运动员及其教练员和有关单位进行记功奖励通报,郑鹏飞被予以个人记大功。
2013年,被国家体育总局评为国家级运动健将。
2015年1月22日,国家体育总局发布关于授予康宏伟等113人国际级运动健将称号的通知,郑鹏飞在列。
2021年8月31日,入选广东省五一劳动奖章获得者名单。
2021年9月24日,被评为“全国体育系统先进工作者”。
2021年9月24日,共青团广东省委办公室授予郑鹏飞“广东青年五四奖章”。
2021年9月29日,广东省人民政府给予个人记大功奖励。