2000年9月，发行专辑《周蕙精选2－好想好好爱你》，依然采用卡通形象作为专辑封面，在音乐性上更丰富。歌曲《好想好好爱你》和《不哭》成为剧集《人间四月天》的片头、片尾曲，《替身》被香港卫视中文台剧集《千面女郎》收为主题曲 ，专辑发行不到3周就有20万张的销量 。
2001年12月，发行两张翻唱专辑《今宵多珍重》及《我要你的爱》，首次在唱片封面真人亮相 。
2002年8月，发行第三张个人专辑《周蕙精选3-寂寞城市》 。
2003年3月，发行新歌精选辑《蕙儿绝版》（将前三张周蕙精选重新再做整理及编排，给所有周蕙歌迷收藏的另一种“绝版”），收录3首新歌及13首精选旧作 。
2004年，和福茂唱片合约到期，BMG唱片和季忠平私下以2400万新台币（约合600万人民币）达成周蕙的转会契约（合约要求为3年3张专辑），出于对恩师的信任，周蕙在空白契约上签了自己的“卖身契”。季忠平卷走了全部制作费，再加上BMG与SONY合并运作，唱片公司不愿再出资包装她，周蕙就此从演艺圈“消失”，演艺事业跌入低谷 [8-9] 。
2005年6月，经好友周杰伦介绍巨室音乐帮助，和新力博德曼几度协商，达成了周蕙以一张新歌加精选辑偿还三张专辑的共识，和公司重新签约，歌唱事业出现转机 。
2007年6月，发行专辑《绽放》 ；9月，与新力博德曼合约正式约满。
2011年，发行专辑《自己的房间》 ；11月12日，在西门河岸留言举行“自己的房间”演唱会 。
2013年，加盟华研国际音乐 ；3月22日，在北京举行“第一次约定”巡回演唱会首场 ；10月，发行专辑《我看见的世界》 。
2015年8月28日，在广州中央车站举行“约定”演唱会 ；10月，献唱电视剧《秦时明月》片尾曲《当归》 。
2020年2月15日，加盟浙江卫视音乐节目《天赐的声音》，担任飞行合伙人 。
2021年3月12日，出演的都市爱情电影《北京爱情图鉴》上映 。
2014年5月24日，在云南参加由《精品消费报》和居然之家联合举办的2014“向美好女人致敬——温暖云南·情系学子”公益签报活动 ；10月，献唱公益标识粉红丝带中文主题曲《飞翔的丝带》 。
