1990年,执导个人首部纪录片《流浪北京》,该片记录了五位自由艺术家20世纪80年代末在北京的一段生活 。1993年,执导纪录片《1966,我的红卫兵时代》,该片主要由五个红卫兵,刘龙江、胡晓光、徐友渔、黄玲、田壮壮对“文革”的回忆组成,获得第2届山形国际纪录片电影节“小川绅介”奖 。
1995年,执导纪录片《四海为家》 ,该片是纪录片《流浪北京》的续集,通过对这五位艺术家的持续关注,向观众揭示了北漂一族的生活现状以及无奈的出路或者结局 。1999年,执导纪录片《江湖》,该片讲述了一个叫作“远大歌舞团”的农村大棚演出队的故事 。2000年,执导纪录片《日记:1998年11月21日,雪》。
2001年,执导纪录片《寻找哈姆雷特》;同年,执导纪录片《你的名字叫外地人》 ;随后,执导纪录片《和民工跳舞》 。2004年,执导纪录片《时间/空间》。2005年,开启“村民影像计划”,该计划目的是让具有“草根背景”的村民亲自参与拍摄。他们来自中国的不同省份的农村,其中多数作者生活在当地村子,而且从未使用过摄像机,他们自己选择拍摄题材,拍摄一个短片,由草场地工作站剪辑 。
2006年,吴文光建了邮件组与村民作者交流 。2009年,开启“民间记忆计划”,该计划除了村民作者之外,也有许多学生、实习生参与 。2010年,执导纪录片《治疗》 ;同年,执导纪录片《亮出你胯下的家伙》 ;随后,他开始整理与村民作者在邮件组里的文字往来,并编写了一本书,书名叫《农民与摄影机》 ;此外,还在纪录片《我年轻时也打老虎》中出镜。2016年,执导纪录片《调查父亲》,该片讲述了吴文光追索已逝父亲隐瞒的故事,并从中梳理父子关系 。
1913年,吴文光的父亲吴廷章出生。之后,吴廷章成为了一个单位的会计 。1966年,“文化大革命”开始,吴廷章被送去单位农场 。1977年,吴廷章从农场归来 。1989年,吴廷章在昆明一家医院逝世,终年76岁 。之后,吴廷章葬在昆明郊外的一个公墓里,他的墓碑上刻着:“1913年出生于四川合江” 。
在纪录片《江湖》中,吴文光不局限于长镜头、固定镜头的跟拍,而是采用更大胆,更加具有主观意识 。《江湖》的拍摄使吴文光被赋予了一个新的评价:关注底层。吴文光开始从拍摄城市文化精英、关注“文革”历史题材转向关注底层。把被拍摄者变成拍摄者,让被拍摄者自己记录自己的生活,这是吴文光关于纪录片新的思考和探索,也是他对纪录片拍摄方式的创新。这种拍摄方式的创新来源于他对传统纪录片拍摄对被拍摄者毫无帮助的伦理困境的挣脱,也是吴文光自己在纪录片生涯里的一次自我否定和创新,这种创新属于吴文光,也属于中国独立纪录片。吴文光开创的这样一种新的拍摄和记录方式,不仅是对自己的革命,对中国独立纪录片领域的影响也是广泛而深刻的,这样一种新的探索和可能,丰富了中国独立纪录片的理论和实践 (东北师范大学郑亦亭、安徽大学宋倩倩综合评)。