1999年,执导个人首部纪录片《老头》 ,该片的镜头对准了北京城里一群见天扎堆聊天的老头,获得日本山形国际纪录片电影节亚洲新浪潮优秀奖 、法国真实电影节评委会奖 ,德国莱比锡纪录片电影节“金奖”和”观众最喜欢的影片“奖 。她完成了从一个演员到纪录片导演身份的转变 。
2000年,与王宏伟、赵涛联合主演由贾樟柯执导的剧情电影《站台》 ;同年,执导纪录片《家庭录像带》,她把镜头投放到了自己的家庭之中,展现了父母与弟弟这些家庭成员之间的矛盾与情感纠葛 。2006年,执导纪录片《一起跳舞》,该片讲述了在公园里跳广场舞的舞伴们之间的情感纠葛 。
2008年,执导纪录片《老安》,该片是第1届中国民间女性影展的闭幕影片 ,延续了纪录片《老头》的主题,讲述了北京一位九旬老人老安的故事;同年,执导纪录片《我的邻居说鬼子》,该片虽然记录的是关于抗日战争的内容,但她仍然将镜头对准了在小区里纳凉的老人门 。
2009年,与法德ARTE电视台合作,并执导了纪录片《野草》,该片是一部关于一群孤儿成长的纪录片 ;同年,执导纪录片《来自青岛的野生药材》 。2010年,担任综艺节目《极速前进:冲刺中国第一季》的制作人。
2013年,执导由赵思源、傅迦、唐治平联合主演的剧情电影《春梦》,该片的演员基本上采用非职业演员,手持摄影和同期声的运用使整部影片像纪录片一样贴近真实 ,入围第42届鹿特丹国际电影节主竞赛单元 ,获得第50届台湾电影金马奖最佳女配角提名 ,获得第37届香港国际电影节特别关注奖 。2016年,与黄玉珊联合执导纪录片《她们的青春告白》 ;同年,创作电影《春潮》入围金马创投会议,该片由郝蕾、金燕玲、黄尚禾联合主演,2019年在第22届上海国际电影节首映,后获得第22届上海电影节最佳摄影奖 。
2019年4月3日,由其执导的纪录电影《少女与马》开机 。2021年9月15日,自编自导的电影《春歌》在杭州开机 。
在纪录片《老头》中,正是因为杨荔钠没有接受过专业的训练,所以在她的作品中看不到任何技术手段。这种只有长镜头和同期声的拍摄方法,非但没有减弱作品的表现力,反而让片中老头们的生活走进观众的心里,启发和感动了整个纪录片届。她的作品中关注的群体多为老人和女性,她往往从微观叙事入手,纪录他们生活中琐碎的小事。不论是老人题材还是广场舞题材,不论是离婚题材还是历史题材,她所拍摄的纪录片都无一例外的聚焦自身和他人的情感诉 (河北大学周蕾评)。