偵探科二年級的遠山金次擁有某種神祕體質，在「某種契機下」會讓大腦細胞活性化，這一點他始終對眾人保密，只求能過平凡的校園生活。某天在上學途中他被捲入一起炸彈攻擊，因而和強襲科的超菁英──神崎?Ｈ?亞莉亞相遇。然後，Ｓ級的最強武偵亞莉亞，與（平常是）普通人的金次，將組成搭檔迎戰凶惡罪犯！？金次平凡的日常生活逐漸遠離而去……