本作的舞台设立在了各种各样神话中的众神聚集的世界，主要讲述了各神话中的代表神明聚集到这个世界，商量着如何打破众神中存在“讨厌人类的问题儿”这一现状。神明是爱护人类、被人类崇拜的存在，而神明与人类的关系变得稀薄是一件令大家担忧的事。于是为解决这个问题，这个世界里建起了与人类就读的学校十分相似的“校舍”，并选出一名人类少女——草薙结衣来教会这些问题神明何为“人类”、何为“爱”。就这样结衣与神之间的禁断之恋正式开始。