在这个布满运河及迷宫的美丽水都，小智、比卡超以及一班好朋友遇到拥有不可思议力量的宠物小精灵拉帝欧斯和拉帝亚斯，这对感情非常要好的兄妹一直默默地守护著水都的秘宝「心之结晶」。 但是，一对怪盗姊妹看上这件秘宝并开始进行抢夺行动。就在怪盗姊妹抓了拉帝欧斯，启动「心之结晶」的封印时，海水开始淹没水都…… 小智和比卡超他们怎样解决这场危机？