《显微镜下的大明》由《学霸必须死——徽州丝绢案始末》《笔与灰的抉择——婺源龙脉保卫战》两个故事组成。其中前者主要讲述了万历年间，一项不公正的税收政策在徽州府引发了旷日持久的混乱，这是一场乱民、县官、州府、户部、首辅、皇帝等诸多利益集团的博弈之局。而“龙脉保卫战”涉及的则是江西婺源县一场持续了六十四年的经济争端，反映了一个县级官员，是如何在重大议题上平衡一县之利害的。