愛德華與阿爾馮斯兩兄弟為了讓死去的母親復活而使用鍊金術，但是鍊金失敗使愛德華失去了左腳，讓阿爾馮斯失去了肉體。

於是愛德華用自己的右手作為鍊金的代價，讓阿爾馮斯的魂魄成功的附在盔甲上。二人為了取回失去的一切，共同踏出了旅程…

去尋找擁有絕大神力的「賢者之石」，為了獲得「賢者之石」的線索，愛德華成為國家鍊金術師，並且被封為「鋼之鍊金術師」…