该作围绕《游戏王》第一部剧情结束八到十年后（主人公游城十代高一时为八年后，高三时为十年后）的世界观展开，部分前作角色也会登场，一些基础设定也焕然一新，卡牌的决斗方式以融合为主，讲述游城十代报名参加决斗学院考试，并在学院学习生活的一连串故事。