故事舞台设立在太阳系被称为奇居子的谜之生命体破坏殆尽后的1000年后，在维持人类繁殖和生产、于宇宙中飞行的播种船希德尼娅上生活的主人公谷风长道成为了巨大人型兵器“卫人”的操纵士训练生，作品讲述的便是主人公与同伴们一起同奇居子战斗的故事。