1、历史的真实性问题：《潜伏》是以某一方的视角拍摄的，对己美化对敌丑化在所难免，若干情节的历史真相有待考证，譬如促使男主人公余则成思想转变的事件之一：戴笠抗战期间走私谋利。

2、余则成悲剧性的命运从一开始就已注定，即使左蓝未死，即使他顺利回到组织，像他这种根不红，苗不正的前敌方人员，如何能够逃脱以后的历次政治运动？且看韦君宜《思痛录》中所载的一个案例：

还有一件肃反中的故事，那实在是冤枉了人，我是一直到1985年才觉悟的。杨述有一位堂兄，叫杨肆。年轻时数学极好，研究出一种破译密码的技术。抗战初期，他原在国民政府交通部工作。后来抗战展开，他到武汉，碰见杨述和他们这一大家子弟妹——全是救亡青年。他说，想跟大家一起去延安。想积极为党做贡献的杨述，当即把这件事秘密报告了住在八路军办事处的李克农（中央调查部的），问g.c.d需不需要这种人才。李克农当即表示：“好呀。叫他打到国民党里边去，把破译到的情报交给我们。不要他上延安。”于是，李克农亲自秘密召见了这个人，布置了任务，而且决定把他发展为g.c.d员。这个人就此加入了军统局戴笠系统，秘密为g.c.d搞情报，如此一干数年，一直升到少将，戴笠始终没有发现他的秘密活动。和他联系的g.c.d人，只有当时八路军驻重庆办事处长周怡一个。这样的单线联系，在周怡被调往延安之后就中断了。他失去了关系，在那个特务系统里继续做破译日本电码工作。

至解放前夕，他忍受不了，脱离了那系统，刚一解放就跑来北京找关系。周怡已死，杨述把这人又来的事情报告了李克农。李克农当即同意由军委技术部录用他，而且交代过：“可重新入党。”可是没过多久，肃反运动一起来，忽然听说他以反革命罪被捕。我们简直诧异万分。是怎么回事？后来，他又被定成战犯，被拘押在徐州战犯集中营里许多年。释放回上海，无事可干，只好到副食品商店当售货员。他们技术部调查部，都是g.c.d内的绝密部门，外人无从打听，更无从过问。这时杨述和我就分析：此中必有特殊机密，那种部门既肯录用他，忽又拘捕他，一定是发现了他什么不可告人的坏事。他一向置身于戴笠系统，又脱离组织那么多年。有一度他到我婆婆（他的婶母）那里去，曾有特务跟踪过。后来他回重庆又没事了。于是我们分析：可能是戴笠方面发现了他和g.c.d有关系，所以才来盯梢；后来又能解脱开，准是他叛变投降，把党的事情向戴笠交代了。这事我党过去不知道，大概到建国后组织上才调查清楚。这可是件神秘而又机要的大案子！这样越分析越像，我们始终对这种推理相信不疑，因此到杨述去世为止，我们一直对他冷冷的，也是这个缘故，他来北京，也不热心招待他。

1984年初夏我为了改小说去上海，小说的背景牵涉到我婆婆那段生活，于是我去访问他，问他那次到我婆婆家的事。他很坦率地说：是国民党特务系统里两派之争，两派都想要他。后来他赶回重庆面见戴笠，戴笠一句话就把这事解开了。我一听，已经有点感到他的事未必如我们过去的推测。此时潘汉年、杨帆等几个“铁证如山”的案子已经证明全属子虚，我心中既无把握，也便怀着疑问告辞。

更没有想到的是，1985年春，他的结论来了。那个结论本身很不公道（承认了他在李克农领导下做过地下工作，同时却又说他身份是国民党军官，按投降起义论），且不去说，最令我吃惊的是，全部结论没有一句是说他干过什么坏事或出卖党的机密的罪行，他的全部罪状只是在国民党内所任的各级职务，别的什么也没有！没有神秘，没有机要！他们逮捕他只是因为他是一个国民党的少将！看来肯定是那一年摘镇反和肃反运动，凡够“职务线”的一律或审查或拘捕，就这么糊里糊涂让他坐了这么些年牢！

3、整个国家的命运也已注定。国共双方的碟报战堪称惊心动魄，正面战场更是血流成河，千百万人倒下不过是因为两党对统治权的争夺。玩政治玩到了你死我活的程度，绝非国家之福，也绝非负责任的政党所应该干的。不仅双方你死我活，还把全体中国人绑上了，玩政治没有边界，胜利之后，权力也一样没有边界。

4、国共双方都口称革命，最后是更激进的一方赢了，回顾世界革命史，这样的例子似乎很多，这也许是某些民族的幼稚病，谁画的大饼更诱人他们就相信谁。

5、《潜伏》据说歌颂了真实的信仰，我们也相信革命者们抛头颅洒热血的确是因为他们真实的信仰，可是真实的信仰就一定值得歌颂吗？回顾人类历史上的宗教战争，宗教冲突哪一个不是由真实信仰而引起的呢？纳粹的屠犹、苏共的肃反、红色高棉的大屠杀从某种意义上说，不也是某些人的真实信仰所产生的后果吗？李敖在《天堂不是我们的》一文中记载：

垂死前的苏联老一辈“职业革命家”卢巴雪夫（Rubashov）曾表示：“我们全走了！只留下你们，历史在你们手里，我要能叫你们明白我当年的好梦和一开始就做错的地方就好了……我的儿子，休想能硬把天堂造出来！”

李敖接下来评论到：
“休想能硬把天堂造出来！”这是一句多么凄惨的哀呼！这种哀呼的深刻意义，在于告诉人们，天堂是渺茫的，想在人间造天堂的人，是一场好梦、一场一开始就做错了的好梦，天堂是可望而不可即的。

余则成抗战快要结束的时候，只想和自己的爱人左蓝一起安安稳稳地过日子，这是一个普通民众的理想，然而革命大潮既起，必将裹挟一切，投入那轰轰烈烈的造梦运动中去。这是革命者的喜剧，然而观此剧时，我每每想到余则成那不可能实现的梦想，不禁悲从中来。