影片讲述的是性格迥异的一群小学生在顽皮孩子训练营里，偶遇到了来自外星球的小飞猪，在日复一日的相处中，孩子们和小飞猪有了真挚的感情，影片的笑点和温馨主题也大多暗伏于此处。小伙伴们在一起每个人都有了让人欣慰的改变，但灾难却在此时降临了，孩子们得知魔法教授掌控的时空门能帮助小飞猪回到自己的星球，可入侵地球、盗取时空法器的外星虫却在阻止小飞猪的回归，孩子们团结一心与反派展开了斗智斗勇的较量……和周星驰《长江七号》相似的是，小飞猪和七仔都是惹人心生怜爱的外星来物，不同的是，相对于后者角色的单一，《无敌小飞猪》的人物设置更加群像，也更加生活化。